Rat je uvijek izvlačio ono najgore iz ljudi. U tom sveopćem kaosu mogu se snaći samo oni koji su poput Stepinca puni Duha Svetoga i vjere u konačnu Božju pobjedu. Svjedočanstva govore da se Stepinac nikada nije bavio politikom, a pozivao je i svoj kler da se u nju ne miješa već da se više brine za poštivanje kršćanskih načela među pukom. U tom velikom povijesnom vremenu hrvatsku Crkvu vodio je nadbiskup Stepinac. Bio je vjeran dvama kršćanskim stavovima koje je zadržao do smrti. Prvo – svom dušom htio je slobodnu i neovisnu Hrvatsku jer je hrvatski narod na to imao od Boga dano pravo kao i svaki drugi narod, a drugo – duboko je žalio što je takva Hrvatska uspostavljena u ime radikalnog ustaštva koje je surađivalo sa okrutnim, bezbožnim, totalitarnim režimima.
No, kao pravi crkveni poglavar želio je ostvariti korektnu suradnju sa svim državnim vlastima na dobro svog naroda i u ime vlastitih kršćanskih vrijednosti koje je držao u sebi. Vrlo brzo po stupanju ustaša na vlast nadbiskup je vidio da se ni temeljna ljudska prava ne poštuju u odnosu na Židove, Srbe i ostale manjine te je nemalo puta intervenirao kod Pavelića za živote mnogih te tako riskirao i vlastiti život. Već sredinom 1941. zbrinjava stare i bolesne Židove na svom posjedu u Brezovici. Iste godine jedan dan kasno navečer zove vladu Hrvatske da se spriječi strijeljanje 8 Srba iz Markuševca koje je bilo zakazano nekoliko sati kasnije. Otvorenim pismom proziva vrh države zbog ubojstva 260 Srba u Glini te posreduje za spašavanje 200 srpskih taoca iz Pakraca, a u jednoj propovijedi odlučno osuđuje ubijanje Roma u logorima.
Poznato je njegovo pismo takozvanom poglavniku Anti Paveliću iz 24. veljače 1943. godine kada je čuo za smrt slovenskih svećenika u kojemu kaže: “Iz svega moram zaključiti, da su svi poubijani. Reći će se, da su bili protudržavno raspoloženi. Zašto nisu izvedeni pred sud? Ovo je sramotna ljaga i zločin, koji vapije u nebo za osvetom, kao što je sramotna ljaga čitavi Jasenovac za Nezavisnu Državu Hrvatsku. Čitava javnost, a napose rodbina ubijenih traži zadovoljštinu, odštetu, izvođenje krvnika pred sud. Oni su najveća nesreća Hrvatske!”
Do 1944. godine sa područja Kozare, gdje su se vodile ratne operacije, spašava 6717 djece od kojih je 6000 bilo ili srpske nacionalnosti ili su im roditelji bili u partizanskom pokretu. Ukupno kroz cijeli rat spašava oko 14000 djece i smješta ih dio u nadbiskupijski posjed u Brezovici. Jedan broj predaje na brigu obiteljima, a novcem pomaže njihovo uzdržavanje. Brojni drugi slučajevi spašavanja Židova i Srba od ustaškog pokreta ovdje nemaju više prostora da budu spomenuti, ali i ovi rečeni dovoljni su da se primjerom pokaže veličina i hrabrost njegove osobe. U teškim ratnim vremenima zbrinuo je 300 svećenika iz Mariborske biskupije koje je protjerao zloglasni njemački GESTAPO, zakleti neprijatelj Slavena i katoličke Crkve.
Stepinac nije zaboravio ni svoju karitativnu djelatnost u tim ratnim godinama. Raznim donacijama, prikupljanjima, pismima što vrhu vlasti, što župnicima upućenima od strane Nadbiskupa kroz 1942. i 1943. godinu, Caritas je prikupio ukupno 43 vagona hrane koja su poslana u Dalmaciju i Hercegovinu. Vrijedi još spomenuti i oko 10 000 izbjeglica iz Italije koji su u Hrvatskoj pronašli sigurnije utočište. No svojim stalnim zalaganjem za sve ljude bez obzira na vjeru ili narodnost i zauzimanjem za one kojima je prijetila neposredna smrtna pogibelj zagrebački nadbiskup omrznuo je ustaškim vlastima. Oni su ga podrugljivo zvali „Solunac“, a sam Slavko Kvaternik na suđenju je rekao da su ga ustaše mrzile, no nažalost ta njegova rečenica stalnim je prepravcima sudskih zapisnika izbačena.
Nije se strašio u više navrata otvoreno prozivati Pavelića. Tako ga je u prvom njihovom razgovoru izravno pitao je li on zapovjedio ubojstvo kralja Aleksandra, a kasnije ga je tražio da raspusti ustaše i da odlučno kaže Nijemcima i Talijanima da ovako više dalje ne može ići. U svojim propovijedima i cijelom biskupskom djelovanju nije se petljao u politiku već se zalagao za jednakost svih ljudi te se gorljivo protivio bezbožnim ideologijama. Poznata je rečenica njemačkog vojnog predstavnika u Zagrebu Edmunda Gleisa von Horstenaua: “Kada bi koji biskup u Njemačkoj ovako što govorio sa propovjedaonice ne bi živ sišao!“
Nažalost, oni koji su tog velikog čovjeka sudili ne žele se niti spomenuti tolikih dobrih djela koja je učinio. Sudsko vijeće dopustilo je samo sedmorici svjedočiti u prilog obrane, a u 35 predloženih svjedoka bio je i slovenski pravoslavni vladika Emilijan i neki visoko pozicionirani Srbi. Tužiteljstvo predvođeno Jakovom Blaževićem u nedostatku stvarnih zlodjela zagrebačkog nadbiskupa bilo je natjerano izmišljati gnusobe koje stavljaju pred sudsko vijeće. No povijest, a i svjetska javnost, pokazat će što misle o cijelom procesu. U valu reakcija na kasnije izrečenu presudu sa svih strana svijeta u Vatikan će pristizati protivljenja zbog osude nadbiskupa Stepinca. Najbolje je istaknuti izjavu Luisa Breiera, predsjednika američkih Židova samo dva dana nakon osude: “Ovaj veliki čovjek Crkve osuđen je kao suradnik nacista. Mi Židovi prosvjedujemo protiv takve klevete. Poznavajući njegovu prošlost možemo reći da je on od 1934. godine bio vjeran prijatelj Židova i nije to skrivao ni u vrijeme najokrutnijih progona…. Uz Pia XII. mons. Stepinac bio je najveći branitelj Židova u Europi“.
