Od 1517. sve do naših vremena češće nalazimo opomene koje se tiču nauka, koje potječu ili od gen. ministra ili od kapitula. Njihov su sadržaj prihvatile uglavnom razne gen. konstitucije. Kapitul 1565. učenje naziva najodličnijim poslom Manje Braće, a general Gonzaga u svojoj okružnici navodi Senekine riječi: “Dokolica bez učenja je smrt i pokop živog čovjeka”. Ujedno naglašuje stari razlog franjevačkog studija: “Učenje manje braće smjera na to da uspali ljubav i oplemeni vladanje”. One pak koji pod izlikom stroge opservancije zanemaruju učenje (qui summa ignorantia dominantes in claustro omnes claudunt aditus scholasticis disciplinis), ovako nagovara Wadding: “Opasna je stvar neznanje, iako se zakloni u najskrovitije kutove”, i prijeti: “Si quis ignorat, ignorabitur”. Ali usprkos ovakvim i sličnim opomenama poglavari se pod konac 18. st. gorko tuže na loše stanje nauka a osobito na loše i nesposobne lektore. Smetnje francuske revolucije i bune početkom 19. st. nisu nikako prijale naukama. No u posljednjim desetljećima se sve učinilo što se moglo da nauke ubuduće procvatu.
Prošlo vrijeme ne pruža ugodan prizor, ni uvijek ni svuda. Nedvojbeni dokaz za to je stanje biblioteka koje se mogu smatrati nehvaljenim mjerilom učenja u dotičnim samostanima. Siksto V je 1587. pod kaznom izopćenja iz biblioteke zabranio odnijeti knjigu u sobu za učenje. Klement X je ovu naredbu ublažio i protegnuo samo na krađu iz biblioteke. Više su na raznim mjestima stradale knjižnice radi nemara braće. Već se kapitul od 1633. tuži da su knjižnice vrlo propale i više služe Redu za sramotu nego za čast. Naređuje da se svuda postavi knjižničar i da se knjižnica svake godine obogati novim knjigama. Za vrijeme francuskog prevrata i kasnije mnoge su dragocjene knjige nestale i dospjele u gradske ili državne biblioteke. Ipak su biblioteke u raznim samostanima većim dijelom ostale pošteđene od pljačke.
Za bolji napredak u naukama različito se vodila briga. Neke su provincije otvarale vlastite gimnazije u kojima su podučavali svoj podmladak, druge su slale svoje kandidate u javne gimnazije, a druge su od 19. st. otvarale “Serafske kolegije”.
U našim krajevima bio je još od nedavna običaj primati kandidate nakon svršene niže gimnazije i onda ih primati u novicijat. Iza novicijata je slijedio kroz tri godine “Studium liberalium et philosophiae”. Način predavanja nekih nauka se vrlo razlikovao od načina koji je vladao u cvatu skolastike. Dominikanci i Isusovci su za temelj svojih predavanja uzimali Sumu sv. Tome, a djelomice su bili obavezni da slijede ovog velikog učitelja. Franjevci uglavnom nisu imali posebnu školu, nego su ostali elektici, kao što su bili prije. Time ne mislimo reći da franjevački bogoslovi nisu većinom slijedili sv. Bonaventuru ili bl. Ivana Duns Skota, nego tvrdimo da Red sam nije svojim učiteljima zapovjedio neka prisižu na riječi kojeg posebnog učitelja, nego im je ostavio slobodu u naučavanju. Najnovije konstitucije žele da se lektori nastoje držati svom dušom franjevačke škole, a druge skolastike, osobito sv. Tomu, neka uvelike cijene. A da bude u cijelom Redu dovoljan broj osposobljenih lektora, osnovan je u Rimu međunarodni kolegij sv. Antuna, koji ima kao sveučilište pravo proglašavati generalne lektore doktorima.
Na opći Tridentski Sabor Red je od svih ogranaka poslao više od stotinu bogoslova, od kojih su mnogi svršili nauke na sveučilištima u Alkali i Salamanki. A ne samo u Španjolskoj, nego i u ostalim zemljama u svako doba se našlo odličnih teologa. Dosta je spomenuti samo neke, kojih se djela nalaze i u našim knjižnicama. U Francuskoj se naukom i pobožnošću odlikovao Klaudije Frassen, koji je 30 godina bio profesor na Sorboni, a napisao je veliko djelo “Schotus Academisus”. Umro je 1711. U Italiji je Jeronim a Montefortino (umro 1740.) sastavio dragocjeno djelo: “Summa Scolastica”. Benedikt Bonneli je priredio novo izdanje djela sv. Bonaventure. U našem Pravilu su izdali tumačenje Petar Marchant (umro 1661.), Gaudentius Kerckhove, umro 1703. i Bonaventura Dernoye, koji u poznatom djelu: “Medulla Evangelii” obiluje asketskim konsideracijama. Edelbert Menne (umro 1826.) napisao je “Der grosse Katechismus eines Dorfpfarrers”, koji mnogo puta citira “Bibliothek für prediger”. Sv. Petar Alkantarski sastavio je lijepu uputu za razmatranje s uzorcima, a sv. Leonardo iz Portomauricija, između manjih djela “Sakriveno blago u sv. Misi”, razne listove, a njegove korizmene misijske propovijedi nađu se i u kojoj našoj knjižnici. Znameniti priručnik “Manuale Histrorise Ecclesiasticae” koji se još do nedavno upotrebljavao na austrijskim sveučilištima, napisao je Klarus Vascotti, član kranjske provincije (umro 1860.)