Glavna oznaka ovog razdoblja jesu dugotrajne i često žestoke borbe i prepirke oko doslovnog obdržavanja Pravila siromaštva, kako ga je označio sv. o. Franjo. Dok je, naime, trajao prvobitni način života, dok su braća kao putnici i stranci putovali i propovijedali, a nisu imali stalna boravišta, mogli su lako udovoljiti životnim potrebama, kojih je inače bilo malo. No kad je s vremenom nastao stalan način života u samostanima sa stalnim dužnostima i broj članova narastao, naišlo se na velike poteškoće s obzirom na najstrože siromaštvo. Nastale su potrebe osobito kod širenja sv. Evanđelja propovijedanjem i misijama, kojima se nije moglo udovoljiti samo radom, traženjem milostinje od kuće do kuće i po duhovnim prijateljima, nego su razne teške okolnosti silile da se u više navrata odstupi od nekih zapovijedi Pravila. Nastala su dakle teška pitanja: jesu li braća obavezna obdržavati Oporuku sv. o. Franje? Osobito kad u njoj Svetac išta zabranjuje tumačiti (u Pravilu). Ostaje li na snazi posvemašnje odreknuće svakog posjedovanja i zabrana uporabe novca? Među braćom je zavladalo dvostruko mišljenje. Jedni su na neki način htjeli da se ostane kod prvobitne strogosti, pa da se mora obdržavati Pravilo doslovce, bez ikakvog tumačenja i olakšice. Drugi, među koje je spadao i sv. Antun Padovanski, bili su trjezniji i blažeg mišljenja. Uvidjeli su naime da Red ne može odgovarati svom zvanju i svrsi nego je osuđen na propast ako se ostane kod prvobitne strogosti. Zato su radije voljeli u gdječemu popustiti, nego čitav Red upropastiti. Ovi su iznijeli svoje sumnje pred sv. Stolicu, neka ona odredi i riješi. Na to je Grgur IX izdao 1230. bulu “Quo Elongati”, u kojoj rješava teškoće i umiruje savjesti braće.
Glavne odredbe ove bule jesu ove:
1. Oporuka sv. Franje ne veže.
2. Braća nisu dužna držati sve evanđeoske savjete, nego samo one koje Pravilo izričito navodi.
3. Olakšava se braći uporaba novca preko “glasnika per nuntios”, koje mogu sama sebi braća birati, a ovi glasnici mogu primati novac darovan za potrebe braće i trošiti ga u ime darovatelja za potrebe kako braća označe.
4. Braća ne smiju ništa posjedovati, ni privatno ni u zajednici, nego imadu samo uporabu pokućstva, knjiga i kuća. Vlasništvo nekretnina uvijek ostaje kod darovatelja, a zabranjuju se otuđiti pokretnine bez izričite dozvole kardinala – pokrovitelja.
Ona pretjerano stroga braća, koja su bila za doslovno obdržavanje Pravila, ne samo da se nisu umirila na tumačenje papine deklaracije, nego su ovaj korak umjerenih i molbu na papu smatrali opakim iznevjerenim idealima sv. o. Franje. Umjereni pak, koji su bili u većini, nastavljali su redovnički život u smislu Grgurove deklaracije.
Na generalnoj skupštini u Rimu 1239., bio je svrgnut fra Ilija, a za generala izabran fra Albert iz Pise, prvi svećenik u toj službi. Od sada se nisu više birala braća laici. Oholost naime onih kojima je Ilija pogodovao, dotle je došla da je njegov nasljednik fra Haymon de Faversham braću laike isključio iz svih službi u Redu i naložio neka se samo u ograničenom broju primaju. Odavde se vidi da su svećenici, ako ne brojem, a to ugledom i vlašću bili pretežniji, jer bi se inače teško mogao ovakav dekret ostvariti. Brat se Ilija nakon mnogih nevolja prije svoje smrti 1253. izmirio s Crkvom i skrušen umro često ponavljajući: “Gospodine, smiluj se meni grešniku!” 1257. bi izabran za generala sv. Bonaventura koji je pripadao umjerenima. Odmah u svojoj prvoj okružnici bolno ističe uzroke radi kojih se krši siromaštvo i propada redovnička stega, a kao lijekove za to navodi: duh molitve, otpuštanja iz Reda nevjernih i oprez u primanju novaka. On je bio uvjeren da se Red ne može više vratiti u nekadašnje prvobitno stanje, pa nije ništa pokušao poduzeti u tom pravcu. Pod njegovom su upravom nastale prve Generalne Konstitucije 1260. na generalnoj skupštini u Narbonni. Napisao je brojna djela o Pravilu i “Obranu siromašnih”, u kojoj uspješno odbija nepravedne osude što su se dizale na njih.
